根据《国家税务总局铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》（国税发〔2006〕101号）规定：“一、纳税人
铁路货运业务中运费结算凭证载明的承、托运双方，均为货运凭证印花税的纳税人。
代办托运业务的代办方在向铁路运输企业交运货物并取得运费结算凭证时，应当代托运方缴纳印花税。代办方与托运方之间办理的运费结算清单，不缴纳印花税。
二、应纳税凭证和计税依据
铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括：
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�。ㄈ┖献�、地方铁路货运运费结算凭证（合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用）。
上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据；对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。
三、应纳税额的计算和税款代征
以运费金额按万分之五的税率分别计算承、托运双方的应纳税额。税额不足一角的免税，超过一角的四舍五入计算到角。
铁路运输企业在收取货物运杂费的同时必须代征托运方应纳的印花税，并记入运费结算凭证的‘印花税’项目内，运费结算凭证不再加盖‘印花税代扣专用章’。
四、税款缴纳
铁路运输企业代征的托运方应纳的印花税与铁路运输企业应纳的印花税统一由各铁路运输企业汇总后按下列方式缴入国库。
�。ㄒ唬┨肪郑ê闾�、青藏铁路公司）应纳印花税，依照铁路体制改革前所属原汇总缴纳印花税单位2004年印花税款占铁路局印花税的比例计算（见附表），按季向原汇总缴纳单位所在地的税务机关缴纳。对采用异地汇款方式缴纳税款的，原汇总缴纳单位所在地的税务机关应通知铁路局将税款直接汇入税务机关在国库开设的‘待缴库税款’专户。
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�。ㄈ┖献侍饭�、地方铁路货运业务应纳的印花税向机构所在地税务机关缴纳。
五、税务机关根据国家有关规定，按代征印花税税款金额的5%付给铁路部门代征手续费。手续费由税务机关按规定及时给付，铁路部门不得从代征税款中直接扣除。
六、本通知自2006年8月1日起执行。2006年8月1日以前已经缴纳的税款不再进行调整。《国家税务总局铁道部关于铁路货运凭证汇总缴纳印花税问题的联合通知》（〔89〕国税地字第094号）、《国家税务总局关于改变铁路国际货运凭证印花税缴纳办法的通知》（国税函发〔1991〕1401号）同时废止。”
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