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合伙企业如何确定其应纳税所得额是一个较为复杂的问题，包括纳税人的确定、所得的分配、优惠的享受、亏损的结转等一系列问题，涉及到的文件规定较多。主要包括以下几方面内容：

1.合伙企业的一般规定

《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税〔2008〕159号)文件规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。

合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：首先合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。其次合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。再次协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。最后无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。

《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》(国税函〔2001〕84号)文件规定：实行查账征税方式的合伙企业改为核定征税方式后，在查账征税方式下认定的年度经营亏损未弥补完的部分，不得再继续弥补。

2.合伙企业对外投资分回的利息、股息、红利的处理规定

《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》(国税函〔2001〕84号)文件规定：个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。

3.合伙企业相关税收优惠规定

《财政部 税务总局关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》(财税〔2018〕55号)规定：有限合伙制创业投资企业采取股权投资方式直接投资于初创科技型企业满2年的，该合伙创投企业的个人合伙人可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣个人合伙人从合伙创投企业分得的经营所得;当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。

《财政部 税务总局 发展改革委 证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》(财税〔2019〕8号)规定：合伙制创业投资企业可以选择按单一投资基金核算。如果符合规定并选择按单一投资基金核算，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税。

残疾人员参与投资兴办合伙企业取得的生产经营所得，符合条件的，可按各省、自治区、直辖市人民政府规定减征的范围和幅度，减征个人所得税。