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南方建筑公司应在项目所在分项目预缴税款，回机构所在地申报纳税

(1)若南方建筑公司申报应纳增值税为20万元，则应补缴税款=20-12.61-11.65= -4.26(万元)为负数，4.26万元结转下期继续扣除;预缴的增值税附加一般不会退也不能结转以后抵扣。

借：应交税费-未交增值税 4.26

贷：应交税费-应交增值税(转出多交增值税)4.26

(2)若南方建筑公司当月在甲县申报应纳增值税为30万，则应补缴税款=30-12.61-11.65=5.73万元

借：应交税费-应交增值税(转出未交增值税)5.73

贷：应交税费-未交增值税5.73

补交附加税

借：税金及附加0.68万

贷：应交税费-城建税0.40万

-教育费附加0.17万

-地方教育费附加0.11万

借：应交税费-城建税0.40万

-教育费附加0.17万

-地方教育费附加0.11万

贷：银行存款0.68万