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差额征税发票的开具：

【国家税务总局公告2016年第23号】

按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。

【差额开票的抵扣】关于差额开票的问题，甲方无需担心，乙建筑公司可以选择差额征税，与甲方的抵扣无关，即乙建筑公司虽差额征税，但是可以全额开票。比如，乙公司收取2000万元的工程款，选择简易计税，支付分包款1000万元同时取得分包发票，则乙公司应纳增值税额=(2000-1000)/(1+3%)×3%=29.13万元。开具增值税专用发票2000万元，增值税额为2000/(1+3%)×3%=58.25万元，不含税金额为2000-58.25=1941.75万。

注意：这里虽然甲公司计征增值税为29.13万元，但是甲企业可以抵扣58.25万元，即我们通常所说的差额征税，全额抵扣。

备注：劳务派遣方式差额征税已在第五章阐述。