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1.耕地占用税是国家对占用耕地建房或者从事其他非农业建设的单位和个人，依据实际占用耕地面积、按照规定税额一次性征收的一种税。耕地占用税属行为税范畴。耕地占用税采用地区差别税率，税收收入专用于耕地开发与改良。

土地使用税，是指在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，依照规定由土地所在地的税务机关征收的一种税赋。由于土地使用税只在县城以上城市征收，因此也称城镇土地使用税。

2、适用对象不同。耕地占用税的纳税义务人是占用耕地建房或从事其他非农业建设的单位和个人;土地使用税又叫城镇土地使用税，纳税人为在城市、县城、建制镇和工矿区内使用土地的单位和个人

3、征税范围不同。耕地占用税的征税范围包括纳税人为建房或从事其他非农业建设而占用的国家所有和集体所有的耕地;土地使用税的征税范围为城市、县城、建制镇和工矿区，农村的土地不属于其征税范围。

4、纳税期限不同。耕地占用税是一次性征收;土地使用税按年计算，分期缴纳。