一、在主体法律地位上的区别
根据《中华人民共和国公司法》（中华人民共和国主席令第42号）第十四条规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”
“公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。”
由此可见，在主体法律地位上它们是完全不同的：
1、子公司在法律上是一个独立的法人，依法独立承担民事责任，即：以自己的名义进行各类民事经济活动;独立承担公司行为所带来的一切后果与责任。
2、分公司在法律上不是一个独立的法人，不具有独立承担民事责任的资格，也就是说它在法律上是从属于总公司的一个分支机构，不是独立的个体。
二、在关联关系上的区别
1、子公司：
母公司与子公司之间一般表现的是股份的控制与被控制关系，也许是全资控制，也许是最大股东的控制。子公司在经济和决策上受母公司的支配与控制，但在法律上，子公司是独立的法人。
子公司拥有独立的名称和公司章程;具有独立的组织机构;拥有独立的财产。
子公司实行独立核算、自负盈亏。
2、分公司：
总公司与分公司之间一般表现为是总机构与分机构的关系，具有从属的特性。分公司在本质上就是总公司的一个安置在异地的派出机构。
分公司一般都不是完全独立核算单位，盈亏只是一种业绩考核。
子公司可以成立分公司，但分公司不可能拥有子公司。
三、在税务处理上的区别
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子公司是作为独立法人，实行独立核算并独立申报纳税，是完全独立的纳税人，承担全面的纳税义务。
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分公司作为分支机构的一种，适用总分机构的相关政策。
总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。
1、企业所得税方面
�。�1）根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)（以下简称“税总2012年57号公告”）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业）。 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。
�。�2）对于以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供“税总2012年57号公告”第二十三条规定的相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
�。�3）根据《浙江省国家税务局浙江省地方税务局关于省内跨市、县经营汇总纳税企业所得税征管问题的公告》（浙江省国家税务局浙江省地方税务局公告2013年第3号）规定，浙江省内汇总纳税企业所得税计算、预缴、汇算清缴管理参照“税总2012年57号公告”执行。
因此，对于分公司的企业所得税管理：符合规定条件的汇总纳税的分公司，实行“就地预缴、汇总清算”；无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，又无法证明分支机构的，按照独立纳税人就地缴纳企业所得税；分公司实行独立核算、不汇总纳税的，按照独立纳税人就地缴纳企业所得税。
对于列名企业的下属二级分支机构均应按照企业所得税的有关规定向当地主管税务机关报送企业所得税预缴申报表或其他相关资料，但其税款由总机构统一汇总计算后向总机构所在地主管税务机关缴纳。如：《国家税务总局关于中国工商银行股份有限公司等企业企业所得税有关征管问题的通知》（国税函[2010]184号）的列名企业。
2、增值税方面
1、分公司（属于分支机构的组成部分，为便于与文件对接，以下统称分支机构）销售货物、提供加工修理修配劳务的增值税的纳税地点
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，分支机构的增值税一般情况下就地申报纳税。
但是，该条同时规定，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）对上述规定进一步明确：固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一�。ㄇ�、市）范围内的，经�。ㄇ�、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。�。ㄇ�、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
在实际工作中，增值税由总机构统一汇总核算、统一申报缴纳的主要是连锁经营企业。如：《浙江省国家税务局关于连锁经营企业增值税汇总纳税有关问题的通知》（浙国税流[2005]76号）第三条规定，“经批准汇总缴纳增值税的连锁经营企业总店应按统一核算的当月应缴增值税总额向所在地主管国税机关申报纳税，即总店应纳增值税=所有总、门店销项税额-所有总、门店进项税额；门店应纳增值税为零。”因此，增值税汇总缴纳需要总机构统一核算，分支机构独立核算的不能汇总缴纳。
�。�2）统一核算的总分机构之间的货物移送作视同销售的特殊规定
先将相关规定归集：
�、佟对鲋邓霸菪刑趵凳┫冈颉返�4条视同销售货物行为的第（3）项：设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。
�、凇豆宜拔褡芫止赜谄笠邓艋辜湟扑突跷镎魇赵鲋邓拔侍獾耐ㄖ罚ü胺1998]137号）规定，《实施细则》第4条视同销售货物行为的第（3）项所称的用于销售，是指受货机构发生以下情形之一的经营行为：向购货方开具发票；向购货方收取货款。受货机构的货物移送行为有上述两项情形之一的，应当向所在地税务机关缴纳增值税；未发生上述两项情形的，则应由总机构统一缴纳增值税。如果受货机构只就部分货物向购买方开具发票或收取货款，则应当区别不同情况计算并分别向总机构所在地或分支机构所在地缴纳税款。
�、邸豆宜拔褡芫止赜谀伤叭艘宰式鸾崴阃绶绞绞杖』蹩钤鲋邓澳伤暗氐阄侍獾耐ㄖ罚ü昂痆2002]802号）规定，纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定的受货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情形之一，其取得的应税收入应当在总机构所在地缴纳增值税。
一开始看实行统一核算纳税人的机构之间货物移送视同销售处理上述三个文件很难理解，感觉好饶口舌，慢慢思考后悟出了道道：
实行统一核算纳税人的总分机构之间，总机构将货物移送到分支机构，如果分支机构将移送到的货物对外销售时使用分支机构当地的发票向购货方开具发票或者向购货方收取货款，只要满足这两个条件之一的，这部分货物销售的增值税需要在分支机构所在地缴纳税款。总机构在货物移送时就需要视同销售，开具专用发票给分支机构抵扣。但如果总机构统一收款、统一开票，这部分货物销售应当在总机构所在地缴纳增值税。
�。�3）营改增（即应税服务）纳税人总机构汇总缴纳增值税规定
根据《财政部 国家税务总局关于重新印发〈总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法〉的通知》（财税[2013]74号）规定，经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人及其分支机构，可以按该办法汇总计算申报缴纳增值税。
营改增纳税人总、分支机构汇总申报缴纳增值税时，仅对应税服务项目进行汇总，总、分支机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税。
总机构将总分机构应税服务业务的应交增值税进行汇总,抵减各分支机构对应应税服务业务已缴纳的增值税税款后，在总机构所在地申报缴纳增值税。
各分支机构发生应税服务业务，按照应征增值税销售额和预征率计算缴纳增值税。计算公式如下：
应预缴的增值税＝应征增值税销售额×预征率
预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
总之，子公司是独立的纳税人，完整的纳税主体。分公司是从属于总公司的，一般情况下，在增值税上按照属地原则作为独立纳税人就地独立申报纳税，但经审核确认，符合条件的也可以汇总缴纳，其中营改增应税服务部分需要按预征率预缴；在所得税上，独立核算的作为独立纳税人就地独立申报纳税，统一核算的实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
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