事业单位实现的结余应按规定对其进行分配。结余的分配涉及到国家、单位、个人等各方面的利益，必须按照国家的法规、制度规定办理。
《事业单位财务规则》规定，事业单位专项结余不参与结余分配。事业单位的结余扣除专项结余后，要按下列程序分配：
一是按规定交纳所得税。
二是上缴上级款。
三是按核定比例提取职工福利基金。
四是转作事业基金。
“结余分配”科目核算事业单位当年结余分配的情况和结果。贷方登记结余转入数，借方登记结余分配数，本科目贷方余额为未分配结余，借方余额为未弥补差额。经年终转账后，“结余分配”科目无余额。
“结余分配”科目一般应设置以下明细科目：应交所得税、应缴上级款、提取职工福利基金、提取事业基金、未分配结余——事业结余、未分配结余——经营结余。
结余转入时：
借：事业结余
经营结余
贷：结余分配——未分配结余——事业结余
结余分配——未分配结余——经营结余
分配时，会计分录如下：
�。�1）交纳所得税：根据税法规定，属应纳税所得，按规定的税率计算缴纳应交所得税。计提时，
借：结余分配——应交所得税
贷：应交税金——应交所得税
解交时，
借：应交税金——应交所得税
贷：银行存款
�。�2）上缴上级款：实行结余上缴办法的单位，所得税后结余按核定的比例或数额计算上缴上级款项。
借：结余分配——应缴上级款
贷：其他应付款——应缴上级款
�。�3）提取职工福利基金：按财政部门核定的比例提取职工福利基金。
借：结余分配——提取职工福利基金
贷：专用基金——职工福利基金
�。�4）转作事业基金：
在事业单位的资金运动过程中，事业基金起的是“蓄水池”的作用，用来调节年度之间的收支平衡，因此，按提取职工福利基金后的余额全部转作事业基金。如果收入大于支出，则继续转增事业基金，如果支出大于收入，则用以前年度的事业基金弥补其差额。在确定年初预算时，如支出安排出现缺门，也可以直接安排一部分事业基金用于弥补差额。
经上述三项分配后结余全额转作事业基金的一般基金。
借：结余分配——提取事业基金
贷：事业基金——一般基金
如单位当年“事业结余”出现红字即负结余，则“结余分配”科目出现借方余额，经批准后可用事业基金弥补。
借：事业基金——一般基金
贷：结余分配——未分配结余——事业结余
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