会计核算的依据是国家的相关法律、法规和企业会计准则、会计制度。然而，在《企业会计制度》、《施工企业会计核算办法》以及2006年颁布的《企业会计准则第15号--建造合同》中均没有对分包工程的会计核算作出明确的规定。目前在施工企业会计实践中，对分包工程的会计处理方法主要有两种：第一种作法将分包的工程收入纳入本公司的收入，将所支付的分包工程款作为本公司的施工成本，与自己承建的工程做同样的处理；第二种作法视分包工程与自己没有关系，分包工程的收入和支出均不通过本公司收支体系核算。
比较而言，第一种作法的特点是全面反映了总承包方的收入与成本，与《建筑法》、《合同法》中对总承包人相关责任和义务的规定是吻合的；第二种作法尽管和《营业税暂行条例》有关“总承包企业以工程的全部承包额减去付给分包人的价款后的余额为营业额”的规定匹配较好，但却没有全面反映总承包方的收入与费用；再者，按第一种作法确认的收入与《营业税暂行条例》营业额的差异，属于会计规定与税法规定的正常差异，并不影响对分包工程的会计核算。因此，承包方企业在核算分包工程在各会计期间的营业收入与费用时，可按照第一种作法的进行账务处理。
(一)在总包方代扣代缴分包营业税的情况下：
例：乙建筑公司承包一项工程，工期10个月，总承包收入8000万元，其中装修工程2000万元，分包给丁公司承建。乙公司完成工程累计发生合同成本5500万元，项目在当年12月份如期完工。其账务处理如下：
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借：工程施工——合同成本 55000000
贷：原材料等 55000000
收到甲方一次性结算的总承包款时，
借：银行存款 80000000
贷：工程结算 80000000
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计提营业税金＝（8000－2000）x3％＝180（万元）
应代扣营业税＝2000x3％＝60（万元）
借：营业税金及附加 1800000
应付账款 600000
贷：应交税费——应交营业税 2400000
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借：应交税费——应交营业税 2400000
贷：银行存款 2400000
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借：工程施工——合同成本 20000000
贷：应付账款 20000000
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借：应付账款 19400000
贷：银行存款 19400000
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借：主营业务成本 75000000
工程施工——合同毛利5000000
贷：主营业务收入 80000000
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借：工程结算 80000000
贷：工程施工——合同成本 75000000
——合同毛利 5000000
(二)在总包方不代扣代缴分包营业税的情况下：
例：乙建筑公司承包一项工程，工期10个月，总承包收入8000万元，其中装修工程2000万元，分包给丁公司承建。乙公司完成工程累计发生合同成本5500万元，项目在当年12月份如期完工。其账务处理如下：
�、僖夜就瓿上钅糠⑸杀痉延檬�，
借：工程施工——合同成本 55000000
贷：原材料等 55000000
收到甲方一次性结算的总承包款时，
借：银行存款 80000000
贷：工程结算 80000000
�、诩铺嵊邓敖鹗�，
计提营业税金＝（8000－2000）x3％＝180（万元）
借：营业税金及附加 1800000
贷：应交税费——应交营业税 1800000
�、劢赡捎邓笆�，
借：应交税费——应交营业税 1800000
贷：银行存款 1800000
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借：工程施工——分包成本 19400000
——分包成本（营业税金及附加） 600000
贷：应付账款 20000000
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借：应付账款 20000000
贷：银行存款20000000
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借：主营业务成本 74400000（ 19400000 +55000000 ）
应交税费——应交营业税600000
工程施工——合同毛利5000000
贷：主营业务收入 80000000
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借：工程结算 80000000
贷：工程施工——合同成本75000000
——合同毛利5000000
根据分包人提供的发票,到主管税务机关退还营业税及附加:
借：银行存款 600000
贷：应交税费——应交营业税 600000
(三)在建设单位代扣代缴总包和分包营业税的情况下：
例：乙建筑公司承包一项工程，工期10个月，总承包收入8000万元，其中装修工程2000万元，分包给丁公司承建。乙公司完成工程累计发生合同成本5500万元，项目在当年12月份如期完工。其账务处理如下：
�、僖夜就瓿上钅糠⑸杀痉延檬�，
借：工程施工——合同成本 55000000
贷：原材料等 55000000
收到甲方一次性结算的总承包款时，
借：银行存款 77600000
应交税费——应交营业税2400000
贷：工程结算 80000000
�、诩铺嵊邓敖鸺按塾邓笆�，
计提营业税金＝（8000－2000）x3％＝180（万元）
应代扣营业税＝2000x3％＝60（万元）
借：营业税金及附加 1800000
应付账款 600000
贷：应交税费——应交营业税 2400000
�、鄯职こ掏旯ぱ楣そ崴闶�，
借：工程施工——合同成本 20000000
贷：应付账款 20000000
�、苤Ц豆こ炭钍�，
借：应付账款 19400000
贷：银行存款 19400000
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借：主营业务成本 75000000
工程施工——合同毛利5000000
贷：主营业务收入 80000000
�、薰こ探崴阌牍こ淌┕ざ猿褰崞绞�，
借：工程结算 80000000
贷：工程施工——合同成本 75000000
——合同毛利 5000000
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