国家对高新技术企业给予了一系列税收优惠，数量大，范围广，内容相对复杂。因此，准确执行这些税收优惠政策，对于提高高新技术企业所得税汇算清缴水平非常关键。
第一，在高新技术企业资格复审期内税收优惠是否有效。国家对重点扶持的高新技术企业减按15%税率征收企业所得税。按规定，高新技术企业应在资格期满前3个月内提出复审申请。那么，在高新技术企业资格复审期内税收优惠是否有效呢？比如，某企业的高新技术企业证书显示的发证时间为2008年12月16日，资格有效期为自颁发证书之日起的3年，即2008年12月16日-2011年12月15日。而税收优惠资格有效期为自认定当年起的3年，即2008年1月1日-2010年12月31日。因此，在复审期间，企业的税收优惠资格有效期实际上已过期。但根据高新技术企业资格复审期间预缴问题的公告（国家税务总局2011年第4号公告），企业在通过复审之前，在其高新技术企业资格有效期内，当年企业所得税仍暂按15%税率预缴。
第二，劳务派遣人员是否计入职工总人数。在享受高新技术企业低税率税收优惠中，其中一项条件是大专以上科技人员人数占总职工人数的30%。企业遇到常见问题是，职工总数是否包含劳务派遣人员？《劳动合同法》第六十六条规定：劳务派遣一般在临时性、辅助性或者替代性的工作岗位上实施。所谓辅助性，即可使用劳务派遣工的岗位须为企业非主营业务岗位；替代性，指正式员工临时离开无法工作时，才可由劳务派遣公司派遣一人临时替代；临时性，即劳务派遣期不得超过6个月。因此，一般情况下劳务派遣人员不计入职工总数。但若形式上是劳务派遣人员，实质上是职工，则应计入职工总数。
第三，研发费加计扣除口径问题。企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。有研发项目是高新技术企业资格认定的基�。谙硎苎蟹⒎鸭蛹瓶鄢挠呕葜�，要正确区分高新技术企业研发费财务核算口径与研发费加计扣除口径的差异所在，以免多计研发费加计扣除额。
这些差异包括4个方面。一是加计扣除中人员人工费用只包括研发人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴，而高新认定除上述内容外，还将企业缴纳的研发人员基本社会保险费用、公积金补助费、外聘研发人员的劳务费用等与其任职或者受雇有关的其他支出也列入研发费中。二是加计扣除中的直接投入包括材料、燃料、动力费用以及专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发制造费，而高新认定中除上述内容外，还包括试制产品的检验费、用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费等。三是加计扣除中的折旧费用和长期待摊费用只包括专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费，而高新认定中还包括研发在用建筑物的折旧以及研发改建、修理中的长期待摊费用。四是高新认定时对其他费用项目采取了不完全列举的方法，而加计扣除则采取正列举的方法，所以加计扣除中未列举的项目，都不允许计入加计扣除的范围。
第四，技术转让所得限额内免税问题。企业所得税法实施条例规定，企业技术转让年所得在500万元以下的，免征企业所得税，超过500万元的部分减半征收企业所得税。需要提醒的是，新所得税法取消了原所得税法对技术咨询、技术服务、技术培训、技术承包等技术性服务收入免征所得税的规定。
企业可享受税收优惠的只是技术转让收入，其有别于技术开发收入，二者性质不同。根据技术合同法规定，技术合同分为几类性质：技术转让、技术开发、技术咨询、技术服务。对于企业，企业享受技术转让所得减免税的合同都必须到省科技局或商务部门进行合同性质认定的，省科技局或商务部门会对合同的性质进行认定，并出具认定证明。所以在签订合同时，企业应区别不同的行为签订不同的合同，采用不同的模板合同进行认定。对于税务机关而言，税务人员除根据技术认定证明认定交易合同是否技术转让外，还应该结合企业合同的内容进行认定。
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