目前，一些营利性医院在经济管理上存在着不同程度的不规范、制度不完善的问题。由于国家还没有一套正规的适于营利性医院的财务管理办法，因而营利性医院各自为政，现状较为混乱。有些医院沿用全民所有制(公司)的那套会计制度和财务制度，完全体现着福利性这方面的核算方法。有些医院实行的财务制度，则完全体现投入、产生、盈利这种纯盈利的核算方法。有些医院采用上述两种财务核算管理办法，一方面对付卫生主管部门，另一方面适应工商、财税部门的需要。上述三种核算方法主要的缺陷反映在营利性医院既不是福利性，又不是盈利性，出现“二不像”的现象。
根据财政部、国家税务总局的规定，营利性医院自开业之日起三年内经有关部门批准，对取得的医疗收入免征营业税，对自用的房产、土地、车船免征房产税、土地使用税和车船使用税。但是在执行过程中，各个地方税务部门各有差异，且变化无常。有些地方税务部门开始免纳有关税收，但过了两三个月又说需纳地方水利基金和地方养老基金，营业税虽免，但必须先征后退;有的地方营利性医院不仅要纳“两金”，而且还要纳城市建设维护基金和教育费附加;有些税务部门认为，相关文件不适用于2002年及以后创建的营利性医院。以上几种做法把营利性医院搞得晕头转向。国家的税务政策与地方的执行有一定的距离。
营利性医院收费标准应有一定的灵活、机动性。医疗服务收费的灵活、机动性是指营利性医院医疗服务收费项目标准在政策规定的基础上，既可上�。部上赂〉囊恢质辗逊椒�。既然是营利性医院，那么无可非议是要“营利”，这是与非营利性医院的最大区别之一。如对某些医疗项目适当提高一些，既是适应市场经济的需要，也是医疗市场经济竞争中的产物。但一些地方的物价部门却认为，收费标准必须按省定标准执行。在医疗服务收费标准上，非营利性医院和营利性医院搞一刀切是不恰当的。只有体现医疗收费的灵活、机动性，营利性医院才有生命力。
建立营利性医院会计制度和财务制度的思路：建立营利性医院的会计制度和财务制度，主要体现在会计科目设置及应用和财务报告的设置。由于营利性医院具有两重性质，即福利性和营利性。因此，在设置会计科目上也应该体现这种两重性质。但首先要突出医院福利性这一方面。因此，建立营利性医院“两制”应在现行的非营利性医院“两制”的基础上，参考企业“两制”有关内容进行。
会计制度应增设以下核算科目：为了正确核算固定资产的净值情况，需增设“累计折旧”科目;为了反映税金核算的发生额、交纳额及期末未交税金余额，需增设“应交税金”总分类账科目。并在此科目下面设置“营业税”等明细科目;为了正确全面反映医院的投资情况，需增设“投入资本”科目(独资形式办医，可设“业主资本”);为了正确核算净资产的实有数和分配情况，需增设“事业公积”科目;为了正确反映投资者分红利益，需增设“应付营利”科目：“管理费用”科目增设“税金”明细科。
删减科目：由于营利性医院病人欠费、逃费现象不多，即使发生欠、逃费，财政等部门也不会给予补助，因此可删除“坏账准备”科目。如果有发生，可直接在“其他支出”科目列支：“应缴超收款”科目是对非营利性医院药品收入超过核定指标，应上缴的那部分超收而言，对营利性医院无多大意义，可删除;由于固定资产直接核算购入或由在建工程完工转入数，同时执行折旧制度，因此“固定基金”这一科目可删除;取消“事业基金”科目，如发生滚存结余及期末分配结余转入的数额，可在“专用资金”-“事业发展资金”科目下核算;取消“财政补助收入”和“财政补助支出”两个总分类账科目。
由于营利性医院大多是合伙、合资、股份制、联营、独资等形式办医，难免出现撤销、停办之现象。在出现上述情况后，就会引起财务清算事宜。为了不使所有者权益承受损失，财务清算必须认真、确切、有条不紊地进行。至于财务清算的处理，完全可以依照《医院财务制度》办法执行。
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