随着市场经济发展，医院会计也出现了新问题：原有的公费医疗和劳保体系不复存在；初步建立了新的医疗社会保障体系且覆盖面逐渐扩大；没有享受医保的人群随着生活水平的提高，个人就医也迅速增长；农村医保全面启动；公立医院承担指令性医疗大量增加：突发事件如交通肇事、安全事故；刑事案件造成伤亡；大面积爆发流行传染性疾病如SARS、手足口病等；援助医疗队；对口扶贫等。随着市场经济的进一步发展，一方面医院的经营方式呈现多样化的特点，另一方面医院的经营环境出现更多的不确定性。欠费逃费、结算的滞后和扣减、补偿的不完整，使得医院的收入不能实现。医院财务制度中那些相对注重经济业务的形式的收入确认原则，已显示出不适应性，甚至某些经济现象没有得到反映。收入确认规范的不合理和欠缺，导致会计实务中收入确认的不规范、不完整。为适应市场经济形势和经营环境的重大变化、医院经营状况的改变，制定合理规范的收入会计准则，已成为迫在眉睫的重大课题。
第一，收入确认——权责发生制的修正。
现行医院财务制度对收入定义为：“医院收入是指医院为开展业务及其他活动依法取得的非偿还性资金。医院收入包括财政补助收入、上级补助收入、医疗收入、药品收人、其他收入”。事业单位会计准则规定医院会计根据配比原则、采用权责发生制。根据权责发生制的原则，医疗机构为病人提供的医疗服务，在医疗服务完成时应确认收入。按照这样的确认规范，欠费逃费病人欠交医疗费；医保病人被管理部门扣减的医疗费；医院垫付的医疗费用；不能及时收回的医疗费用；不能确定能否收回，甚至很可能不能收回的医疗费用，都应该确认为收入，是不尽合理的。对明确不能实现现金流入，成本得不到补偿的事项，虚增收入、借记资产，使医院的账面收入和资产及净资产大大增加，从而提供了错误的会计信息，有可能导致报表使用者形成错误的判断，做出错误的决策。这样的会计处理，不能实现反映客观现实的职能。应参照企业会计制度改革的成果，引人实质重于形式原则，充实谨慎性原则。
第二，实质重于形式。
企业会计制度改革中，针对会计信息质量不高，会计要素确认计量缺乏可靠性，市场经济必然产生的经济事项未能充分反映，会计要素的确认和计量不能真正反映会计信息质量特征的基本要求，新的会计规范增加了实质重于形式原则这一一般性会计原则。实质重于形式原则是指企业应当按照交易或事项的经济实质进行会计核算，而不应当仅仅按照它们的法律形式作为会计核算的依据。“实质”是指交易或事项的经济实质，即会计核算对象所表现出来的交易或事项的经济现实内容，也就是最终加工出来的会计信息的性质；“形式”是指交易或事项的外在形式，既指法律形式，又指法律形式之外的其他外在形式。该原则是在形式与实质不统一时，偏重于实质进行修正的一种规范要求。实质重于形式原则和谨慎性原则、重要性原则一样，作为体现会计修正性惯例要求的原则，是对客观性原则、权责发生制原则和配比原则的补充和修正。遵循该原则，体现了对经济实质的尊重，能够保证会计信息与经济事实相符。这一原则的推出，发展和完善了我国的会计理论，指导了会计实务：
一是随着经济的发展，经济现象越来越复杂，其表现形式也日趋多样化，原有的会计制度已难满足指导会计实践、保证会计信息质量的客观要求；
二是现行的会计理论与实务往往偏重于可靠性，重形式而轻实质，导致会计信息真实性的下降；三是实质重于形式原则是一项重要的国际会计惯例，其引入顺应了国际上会计计量的改革潮流，将有利于我国会计与国际接轨，进一步夯实我国的会计计量基�。�
三是在旧的计划经济体制下，会计制度是财政经济管理的一个调控工具，会计制度缺乏应有的独立性、规范性和科学性，不能真实反映企业的经营状况和财务状况。
第三，医院收入要素的确认。
会计确认是将一个经济事项或交易正式作为会计要素予以认可的一种会计行为，它是一项交易或事项进入会计系统的首要环节。具体到收入，其确认是指将某个项目要素记账，并在利润表上反映。根据收入要素确认的一般原则，某个项目作为收入加以确认，必须符合两项基本条件，即与收入项目有关的经济利益能够流入企业，以及收入能够可靠地计量。医院的各项收入，其确认首先要符合基本的确认条件，即相关的经济利益能够流入医院，以及收入能够可靠地加以计量。其次，由于收入必须与费用进行配比，因而医院收入的确认应符合为获得收入所发生的成本能够可靠地计量这项条件。另外，医疗服务是否完成对收入的确认也有重要的影响。比照企业会计收入准则，销售商品收入的确认条件，还包括企业已将商品所有权上的主要风险和报酬转移给了买方。有些情况下，企业已经将所有权凭证或实物交付，但商品所有权上的主要风险和报酬并没有完全转移给买方，销货企业则不能确认收入，该项收入应递延到已满足买方要求并且买方承诺付款时予以确认。按照以上的确认条件，目前医院收入中的很多内容，是不能加以确认的。医疗机构提供的医疗服务，在检查、化验、诊断、处方、人住、手术、治疗、护理等完成的同时，开出记账凭证即视为收入的实现，并登记为收入。而将款项的收付，作为另外的程序来完成，即使收不到款，也不影响将其记录为收入。根据新的收入确认条件，将经济利益不能流入医院的事项不再确认为收入，使医院的收入要素真正体现其质量特性，剔除收入中的水分，避免形式的陷阱，使会计信息更接近经济事实。从而提高了会计信息质量，真实反映了医疗机构的财务状况。
第四，实质重于形式原则的局限性。
实质重于形式原则的主观性容易被操纵和滥用，不能实现的收入如何确定，在什么时点确认，欠费收回如何将收入转回。承担指令性医疗任务收到上级补助或财政补助，特别是非指定项目的补助，如何将对应的收入转回，都有一定的不确定性，留下了会计判断和操纵的空间。这就要求明确原则的实施细则，细化确认条件，减少不确定性。同时要加强监管，提高造假成本。另一方面，对会计人员的素质提出了更高的要求。应该有计划、有针对性地对会计人员进行继续教育，提高会计人员素质，适应市场经济发展、与国际惯例接轨的更高要求。面对新的形势和问题，收入确认规范的不合理和欠缺，导致会计实务中收入确认的不规范、不真实。为适应市场经济形势和经营环境的重大变化、医院经营状况的改变，以及会计规范本身的完善和提高，医院会计应制定合理规范的收入会计准则，积极贯彻国际通行的稳健会计政策，对那些不符合会计要素定义、不符合会计要素确认和计量的内容进行全面彻底的修改，从会计规范的角度，提高会计信息质量，真实反映医院的经营成果和财务状况，促进医院的健康发展。
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