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税收征管中合法有效凭证的管理如下所示：

一、增值税征管中的合法有效凭证

(一)增值税进项税额抵扣凭证的-般规定

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，准予从销项税额中抵扣的进项税额，除购进免税农业产品准予抵扣的进项税额外，仅限于下列增值税扣税凭证上注明的增值税税额：从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税税额；从海关取得的完税凭证上注明的增值税税额。

(二)增值税进项税额抵扣凭证的几项特殊规定

1.以收购凭证作为外购农业产品和废旧物资进项税额的计算依据。根据《增值税暂行条例实施细则》第十七条的规定，购进免税农业产品的买价，仅限于经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的价款。按照规定，以收购凭证上注明价款按13%计算进项税额方准予抵扣。但针对一些农业生产单位销售自产农产品可以开具普通发票的实际情况，为简化手续，根据《关于增值税若干征收问题的通知》(国税发[1994]122号)规定，对一般纳税人购进农业产品取得的普通发票，可以按普通发票上注明的价款计算进项税额。从事废旧物资经营的增值税一般纳税人收购的废旧物资不能取得增值税专用发票的，据经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的收购金额，依10%的扣除率计算进项税额予以扣除。

2.普通发票作为运输费用准予抵扣进项税额的计算依据。从1994年5月1日起，对增值税一般纳税人外购货物(固定资产除外)所支付的运输费用,根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额依7%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计入进项税额予以扣除。从2003年11月1日起，提供货物运输劳务的纳税人须开具货物运输业发票，作为记账凭证和增值税抵扣凭证。

(三)对电力销售、自来水销售及商业零售企业使用专用发票的规定

对供电部门销售电力、自来水公司销售自来水，除销售给普通消费者的以外，均需开具专用发票。对商业零售企业销售商品凡向购买方开具专用发票的，必须按照《国家税务总局关于增值税专用发票使用问题的通知》(国税明电[1994]35号)的规定.在购买方提供盖有一般纳税人戳记的税务登记证(副本)的前提下，销货方方可开具专用发票。

二、营业税征管中的合法有效凭证

(一)营业额减除项目凭证

对营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。

(二)联运业务凭证

对自开票纳税人开展的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。

三、企业所得税征管中的合法有效凭证

(一)将企业提供的完整、准确的收入及成本、费用凭证作为核定征收的重要依据。不能正确计算应纳税所得额的.税务机关有权核定其应纳税所得额。

(二)将对关联企业凭证的现场审计作为关联企业业务往来调整的依据之一。在企业不能提供准确的价格、费用等凭证资料的情况下，可采取核定利润率及其他合理方法进行调整。

(三)将相关凭证作为计算成本的根据。纳税人在经营活动中发生的成本划分为直接成本和间接成本。其中，直接成本可根据有关会计凭证、记录直接计入有关成本计算对象或劳务的经营成本中。