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完善会计集中核算制的基本对策如下所示：

会计集中核算制作为一种制度并非完美无缺，还存在一些问题，但关键是要结合形势和任务的发展，从实际出发，不断加强会计集中核算制的科学化、制度化和规范化建设。

１．转变会计职能，从核算型向管理型转化。目前会计核算中心的主要工作是资金支付和会计核算，如果将会计核算中心仅仅作为一个记账机构是远远不够的，更要着重预算执行信息的反馈和控制。必须加强预算资金支付的事前控制，在决定资金支付之前应确定是否应该支付、如何支付，而不能到支付完了事后才来明确。核算中心工作人员在收到预算单位支付申请后应确定是否可以支付，如何支付，然后才通知银行付款。会计核算中心的发展，必须要从核算型向管理型转变，尽快扭转将核算中心视作单纯的核算机构的观念。

２．正确处理现行开支标准与实际支出的关系。在会计集中核算实践中，现行行政事业单位开支标准与具体繁杂的实际支出有一定的差距，如何把握好既坚持规章制度，提高资金使用效益，又实事求是地处理好实际开支的报销问题，以保证单位正常业务活动的开展，这是对核算中心工作人员业务素质和职业判断能力的严峻考验。一方面，如果对超出标准的开支一律不予报销，则有可能影响各部门、各单位行政任务的完成和各项事业的发展；另一方面，统一财务制度开支标准是行政事业财务工作中正确处理事、人、钱、物四者之间关系的主要依据和标准。如果对超出规定的开支只要单位领导审批后就一律报销，这不仅违背了财务制度，放弃了会计监督，而且还可能助长不正之风和腐败现象，最终也不利于各部门、各单位行政任务的完成和各项事业的发展。因此，处理好开支标准与实际支出的关系尤为重要。

３．完善内外监控制度，确保财政资金、财产物资的安全。由于财政性资金集中管理后，财政资金管理的风险也大为集中，必须加强内控，建立内部制约机制，防范风险。每一笔支出都应实行事前审核，核对金额，在保证凭证真实、准确、合理、合法后，才能通知银行付款。要建立和完善大额费用审批制度、超指标审批制度、超用款计划审批制度、大额借款审批制度以及预算单位的财产物资管理制度等内控制度，明确责任。同时，会计核算中心还要主动接受外部监督，向预算单位反馈资金支付的信息，与单位形成相互制约的机制，接受财政内部监督部门、审计等职能部门的监督，保证财政资金、单位财产物资的安全。

４．加强审计，规范行为，明确责任，防范风险。会计集中核算的主体是政府，凭借的职能是政府社会经济管理权和国有资产所有权。实施会计集中核算，必须加强会计人员的服务意识，加强审计对会计的再监督，从更高的层次上去规范会计人员行为，防止其滥用政府权力和形成新的官僚作风。会计人员离不开与钱财打交道，有着较高的执法风险，只有强化风险意识，进一步明确责任，加强对会计人员上岗、任期和离任前的定期及不定期审计力度，才能确保会计信息的质量，提高会计信息的真实性，确保会计人员清正廉洁和健康成长。

５．建立远程报账系统和远程查账系统。建立远程报账系统和远程查账系统是会计核算中心电算化和网络化发展的必然选择。用现代信息技术手段来处理日常工作，建立远程报账系统，可以从根本上解决核算中心工作人员的超负荷工作量。事实上，会计人员大量的工作集中在凭证的整理和摘要的输入上，实现远程报账后只需审核和修改。工作效率提高后，能使会计人员有更多的精力从事单位的财务和预算管理工作。对单位而言，报销和凭证的输入工作可以在几天的时间里分散进行，到核算站报账时可以减少报账等候时间。整个管理流程完全自动化，单位、前台、后台之间数据资源完全共享，避免了重复劳动，从而实现系统优化。建立远程查账系统，还可以根据自己单位工作的特点和需求设置一些明细科目，有利于业务单位及时了解预算执行、财务收支情况，增进核算中心与单位之间的会计信息交流，对财政部门实施远程预算监控、用款计划管理、授权支付额度的下达、财政收支会计核算监督检查有着重要的现实意义。

实践证明，尽管目前实行会计集中核算还存在一些问题，但在加强财政资金收支管理、改变会计核算方式、预算执行情况控制等方面都已显示出会计集中核算制的优越性，总的看是利大于弊，是一项成功的会计管理制度。而当前的主要工作就是明确会计核算中心作为预算执行机构的地位，以预算执行为主要任务，转变工作职能，不断推进会计集中核算制的改革和完善。