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案情简介：近期在对一工业制造企业进行税收评定中发现，该企业对本公司员工代扣代缴个人所得税2650万元，税务部门按规定给企业2%的代扣代缴手续费53万元，该企业认为手续费收入为免税收入，未将这部分手续费合并计算缴纳企业所得税。税务部门按照税法规定补缴了该企业13.25万元企业所得税。

税法分析：财政部、国家税务总局、中国人民银行《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2005〕365号）规定：“三代”（代扣代缴、代收代缴、委托代征）单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于“三代”管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。《中华人民共和国企业所得税法》第五条规定：企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。第六条规定：企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：（一）销售货物收入；（二）提供劳务收入；（三）转让财产收入；（四）股息、红利等权益性投资收益；（五）利息收入；（六）租金收入；（七）特许权使用费收入；（八）接受捐赠收入；（九）其他收入。所以，税务机关返还给企业的代扣代缴、代收代缴、委托代征税款手续费收入应按规定缴纳企业所得税。