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公司员工个税申报没有全部申报有什么影响吗？

有影响.

根据《个人所得税自行纳税申报办法》第三十三条:纳税人采取伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证,或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入,或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报,不缴或者少缴应纳税款的,依照税收征管法第六十三条的规定处理.

纳税人编造虚假计税依据的,依照税收征管法第六十四条第一款的规定处理.纳税人有扣缴义务人支付的应税所得,扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的,依照税收征管法第六十九条的规定处理.

税务代理人违反税收法律、行政法规,造成纳税人未缴或者少缴税款的,依照税收征管法实施细则第九十八条的规定处理.其他税收违法行为,依照税收法律、法规的有关规定处理.

年所得12万元以上的纳税人,在纳税年度终了后3个月内向主管税务机关办理纳税申报.个体工商户和个人独资、合伙企业投资者取得的生产、经营所得应纳的税款,分月预缴的,纳税人在每月终了后7日内办理纳税申报;

分季预缴的,纳税人在每个季度终了后7日内办理纳税申报.纳税年度终了后,纳税人在3个月内进行汇算清缴.

纳税人年终一次性取得对企事业单位的承包经营、承租经营所得的,自取得所得之日起30日内办理纳税申报;在1个纳税年度内分次取得承包经营、承租经营所得的,在每次取得所得后的次月7日内申报预缴,纳税年度终了后3个月内汇算清缴.