专用发票除具有普通发票的功能与作用外，还是纳税人计算应纳税额的重要凭证，与普通发票相比，它有以下区别：
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专用发票一般用于一般纳税人之间从事生产经营增值税应税项目使用；而普通发票则可以用于所有纳税人的所有经营活动，当然也包括一般纳税人生产经营增值税应税项目。
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普通发票只是一种商事凭证，而专用发票不仅是一种商事凭证，还是一种扣税凭证。
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专用发票不但要包括普通发票所记载的内容，而且还要记录购销双方的税务登记号、地址、电话、银行帐户和税额等。
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专用发票不仅要有普通发票的联次，而且还要有扣税联。
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普通发票反映的价格是含税价，税款与价格不分离；专用发票反映的是不含税价，税款与价格分开填列。
增值税小规模纳税人和非增值税纳税人，不得领购使用增值税专用发票。所以，开出普通发票和专用发票计算增值税都是一样的，但开专用发票，购货方符合抵扣条件的（比如购货方是一般纳税人，在规定的期限认证抵扣，购买的不是不得抵扣的货物等），进项税额可以抵扣，而开普通发票，除农产品发票、运输发票、小规模购买税控机外，购货方都不能抵扣。
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