不合规发票的检查方法如下所示：
不合规发票存在的形式五花八门，而且都是隐蔽在每一册每一页的记账凭证之中，实施审计检查时，一般需要仔细翻阅被审计单位记账凭证后所附的票据资料，才能较全面地查出被审计单位的各种不合规发票。但是如果被审计单位规模较大，在有限的审计时间内，就难以完成这项工作，需要我们采用一定的技巧和方法。
一、选准目标有的放矢
审计时，以单位费用类账册为基�。≡穹⑵比菀壮鱿治侍獾目颇�，如办公费、交通费(含修理及汽油)、招待费及销售费等，单笔额度在一定数额之上，详细列出所在凭证号，再去按图素骥一一查对。如有条件的单位，已经导入被审计单位电子数据的，应用A0系统电子账簿进行筛选审计目标，效率更高效果更佳。
二、综合分析鉴别辨认
检查不合规发票要掌握较全面的相关知识，从发票的合法性、真实性、合理性以及报销手续的完整性四个方面进行综合分析判断。
(一)检查发票自身的合法性。
根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关法律法规的规定，使用以上列举的我国规定的合法票据并一律套印省团级以上税务机关或财政机关的发票监制章的，视为合法凭证。如果对发票自身合法性有疑问，检查人员可采用直接核对法或函调法，咨询出具发票地方税务机关的专业人员，以鉴定发票的合法性。一般而言，单位内部自制票据及市场流通的普通收据等应当视为白条入账，不予认可。
(二)检查发票内容的真实性。
发票自身合法，但发票内容不真实，即发票所载内容并不是以企业真实的业务往来为依据填列的，对这种不合规发票，采用的具体方法包括：
1、笔迹鉴别法。一是要看票面字迹是否一致。若不一致，则有多人所写嫌疑，应当考虑其真伪问题；二是看票面字迹是否连贯、流畅。发票是多联式、由复写纸套写而成的，正常情况下从头到尾，书写应当连贯流畅，否则，便不是一次套写而成，发票的存根联与报销凭证可能不一致，存在大头小尾现象。
2、票面规范确认法。按照规定，发票填写错误应当作废重开，因此票面应无涂改、挖补、乱擦痕迹，如果存在，则应查明原因；票面项目填写要齐全，若有空项，则应向财务人员问清原因；发票金额大小写如果存在书写跳行、出格、压字等现象，均可视为票面不规范，如方便可到出票单位核对。
3、金额判断法。一是检查发票开出的单价与所购商品市场价格或批发价格比较，是否合乎常规，是否存在个人为了从中渔利虚构价格现象；二是将大额整数发票与其所载经济业务内容联系起来进行判断，查看相应附件，必要时验证实物，查清事实真棺，是否存在企业以虚开大额整数发票的方法转移、套取资金。
4、逻辑分析法。有的发票从票面上看似乎没有问题，但把购进货物与供货单位的经营范围联系起来进行核对时，就有可能发现破绽，如商品零售发票开出了“工程款”、烟酒门市开出了“修理费”等，对这类张冠李戴式发票只要稍加分析便可确认属于不真实报销凭证。
5、证物核对法。审计发现发票额度较大且发票内容与开票单位经营范围不对称的问题时，应当深入一线查看实物，是否真的存在，具体又做何用。如果碰到所购实物已经使用或消耗无从查起的情况时，可采用核对仓库保管出入库登记台账的方法进行证物核对。这时发票真假往往一目了然。
6、询问核对法。检查人员若在经过分析核对后，对一些发票仍有疑点，可询问有关经手人。如有的单位汽车修理类票据较多，修理费高得惊人，详细查阅发票所附的名细清单，并抽查了该辆汽车，仍不得其解。当找来司机具体询问时，才知原来汽车修理发票及所附的内容全部是捏造的，实际是一些无法取得合法票据的经济活动支出费用。
(三)检查发票的合理性。
检查发票的合理性包括检查发票所载业务内容与企业生产经营活动是否有联系，商品价格是否合理，商品数量是否与企业规模相匹配等。检查时可以借鉴发票真实性检查方法，重点在合理性上进行分析。一般而言，购买商品买贱不买贵，就近不就远，因此，审查价格合理性时，对供货单位较远、数额较大的开支，要注意看商品价格与本地市场行情的差距，价格低于本地市场为合理，反之则不正常；如价格与本地市场行情一致，应进一步比较商品质量；若发生质次价高、舍近求远采购商品的现象，有可能存在着经办人拿回扣、好处费等问题，需要进一步深入查证。
(四)审查发票报销手续的完整性。
审计时，结合对单位内控制度及履行符合性测试程序的结果，一是查看经办人、批准人等各自是否按照规定依次签字；二是查看领导人有无越权审批，对连号票据要考虑是否存在买卖串通、化整为零的嫌疑。
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