（一）财务指标分析的主观局限性
财务指标体系是为了帮助财务报表的使用者能更好地了解、掌握一个企业的生产经营情况。但由于财务报表是由企业的财务人员根据有关的法规、制度、准则等编制，不可避免地会出现一些人为的差错和失误，甚至恶意隐瞒，直接影响着分析的结果。
（1）分析者分析能力的局限性
对企业财务报表进行分析与评价通常是由报表分析者来完成的。然而，不同的财务分析人员对财务报表的认识度、解读力与判断力、以及掌握财务分析理论和方法的深度和广度等各方面都存在着差异，理解财务分析计算指标的结果就有所不同。如果缺乏实践经验，就很可能出现理解偏差，这样必定会影响财务指标的分析结果。
（2）分析者有意操纵财务指标的行为
财务报表数据的信息质量受制于企业管理当局的职业道德。众所周知，企业就是为了盈利。然而，盈利的方法和途径却是多种多样的。有的人通过正当的经营来谋取利润，也有人通过其他的操作来谋取利益。
（二）财务指标分析的客观局限性
在实际的经营过程中，我们常用的指标主要是评价企业的短期偿债能力和企业收益能力。
（1）短期偿债能力指标的局限性
企业短期偿债能力是指企业在短期债务到期前资产可以变现用于偿还流动负债的能力。短期偿债能力指标分为流动比率和速动比率指标。由于流动资产一般在短期内能够转化为现金，所以用流动比率和速动比率反映企业短期偿债能力具有一定的合理性。然而，若单纯根据这两个比率指标对企业短期偿债能力做出判断，难免有失偏颇，这也是短期偿债能力固有缺陷之所在。
（2）收益能力重要财务指标的局限性
对于上市公司来说，最重要的财务指标是每股收益、每股净资产和净资产收益率。但人们在使用这几个财务指标时也应注意其存在的局限性。
1、每股收益的局限性
每股收益= 本年度净利润/ 年末普通股份总数，它表明普通股在本年度所获的利润，是衡量公司盈利能力的一个重要的比率指标。在计算这个比率时，分子是本年度的净利润，分母是年末普通股份总数，一个是时期指标，一个是时点指标，那么分子、分母的计算口径不完全一致。每股收益不能反映公司经营风险的大�。谑找嬖黾拥耐狈缦胀撬嬷黾拥�。
2、每股净资产的局限性
每股净资产= 年度末股东权益（或期末净资产）/年度末普通股数，表示发行在外的普通股每一股份所代表的股东权益或账面权益。在进行投资分析时， 只能有限地使用这个指标，因其是用历史成本计量的，既不反映净资产的变现价值，也不反映净资产的产出能力。
3、净资产收益率的局限性
该指标是用来反映所有者权益的收益水平的，其计算公式有两种形式：一种是净资产收益率= 净利润/ 年末股东权益，另一种是净资产收益率= 净利润/ 平均净资产。为了提高计算结果的准确性，应以净资产的加权平均数作为计算依据，但这样又过于复杂，从简化计算角度考虑，分母用年初和年末净资产的平均值， 同分子的当年净利润相比较似乎更为合理。
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